焦虑症的病因复杂，生理和心理因素都有。
生物因素
1.遗传因素
研究表明，具有家族病史的人，焦虑症患病风险较一般人高。
2.神经生化因素
研究发现γ-氨基丁酸（GABA）是发病基础之一，此外，可能还与去甲肾上腺素系统的功能亢进、5-羟色胺系统异常等有关。
3.神经影像因素
大脑内情绪控制环路是由前额叶、杏仁核、海马、下丘脑、前扣带回等构成，这些区域的结构、功能或联系异常可引起情绪控制障碍，构成焦虑障碍的病理结构基础。
心理因素
当外部和自身原因使患者压抑、过分担忧和恐惧时，若不能运用有效的防御机制，则可能会出现焦虑症。
例如：广泛性焦虑障碍是由于潜意识冲突未能获得解决、信息处理持久歪曲等导致广泛性焦虑障碍；
社交焦虑障碍是由于患者过分关注和在意别人的评价所致，也可能和成年前的一些负面经历有关；
特定恐惧症可能与恐惧的物体（即条件刺激）和创伤性经历（即非条件刺激）有关。